Die Nikolaikirche ist die Nachfolgerin der Leute-Kirche, die in nächster Nähe zur Kirche des ehemaligen Benediktinerklosters in Isny gebaut worden war. Nach der Reformation wurde sie zur evangelischen Stadtpfarrkirche. 1284 brannten mit dem Kloster und dem größten Teil der Stadt auch die Kirchen ab. Von der 1288 durch Heinrich von Brunow neu erbauten Kirche sind die Umfassungsmauern des Langhauses, die Rundbogenfenster des nördlichen Lichtgadens, die Arkadenbögen im Innern und der Turm bis zur Glockenstube geblieben. Der spätgotische Chor mit seinem Sternrippengewölbe wurde im 15. Jahrhundert angefügt.
