Das Kloster wurde 1145 von Gebizo von Ravensburg, einem Ministerialen der Welfen, gestiftet.
Der Grundstein der dreischiffigen Basilika wurde im Jahre 1152 gelegt und die vorläufige Weihe fand 1163 statt.
Nachdem die Propstei 1257 in den Rang einer Abtei erhoben wurde, erhielt sie 1283 eine Heilig-Blut-Reliquie von Rudolf von Habsburg.
Noch heute steht die Reliquie, der das Kloster auch eine Erwähnung im Lohengrin verdankt, im Mittelpunkt des traditionellen Magdalenenfestes.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurde der Beschluss gefasst, das Kloster wieder neu aufzubauen. Ein Neubau der Klosterkirche im Barockstil wurde 1724 abgeschlossen.
Das ehemalige Konventgebäude wurde 1892 zu einer Heilanstalt umgebaut, welche bis heute besteht. (Zentrum für Psychiatrie Weißenau (Anstalt öffentlichen Rechts unter Gewährsträgerschaft des Lands Baden-Württemberg))
